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Les Méthodes (le + methode)

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Selected Abstracts

Linkage Disequilibrium Mapping of Disease Susceptibility Genes in Human Populations

INTERNATIONAL STATISTICAL REVIEW, Issue 1 2000
David Clayton
Summary The paper reviews recent work on statistical methods for using linkage disequilibrium to locate disease susceptibility genes, given a set of marker genes at known positions in the genome. The paper starts by considering a simple deterministic model for linkage disequilibrium and discusses recent attempts to elaborate it to include the effects of stochastic influences, of "drift", by the use of either Writht-Fisher models or by approaches based on the coalescence of the genealogy of the sample of disease chromosomes. Most of this first part of the paper concerns a series of diallelic markers and, in this case, the models so far proposed are hierarchical probability models for multivariate binary data. Likelihoods are intractable and most approaches to linkage disequilibrium mapping amount to marginal models for pairwise associations between individual markers and the disease susceptibility locus. Approaches to evalutation of a full likelihood require Monte Carlo methods in order to integrate over the large number of unknowns. The fact that the initial state of the stochastic process which has led to present-day allele frequencies is unknown is noted and its implications for the hierarchical probability model is discussed. Difficulties and opportunities arising as a result of more polymorphic markers and extended marker haplotypes are indicated. Connections between the hierarchical modelling approach and methods based upon identity by descent and haplotype sharing by seemingly unrelated case are explored. Finally problems resulting from unknown modes of inheritance, incomplete penetrance, and "phenocopies" are briefly reviewed. Résumé Ce papier est une revue des travaux récents, protant sur les méthodes statistiques qui utilisent I'étude, des liaisons désé, quilib rées, pour identifer les génes, de susceptibilité des maladies,ápartir d'une série, de marqueurs de géncs á des positions définies du génome,. Le papier commence par considérer, un modéle, détéministe, simple pour liaisons déséquilibr,ées, puis nous discutons les améliorations, ré centes proposées, de ce modéle, dans but de tenir compte des effects des influences stochastiques soit en utilisant les modéles, de wright-fisher, soit par des approches basées, sur la coalescence de la géné alogic de I'échantillon, des chromosomes malades. La plupart de cette premiére, partie porte sur une série, de marqueurs dialléliques et, dans ce cas, les modéles, proposés, sont des modéles, hiérerchiques, probabilistes pour dinnées, binaires multivariées. Les viaisemblances n'ont pas de forme analytique et la plupart des approches pour la cartographie des liaisons déséquilibrées, sont équivalentes aux modéles, marginaux pour dinnées, appariées, entre des marqueurs individuels et le géne, de susceptibilité de la maladie.Pour évaluer, la vriausemblance compléte, des méthodes de Monte carlo sont nécessaires, afin d'intégrer, le large nombre d; inconnues. Le fait que l'état, initial du process stochastique qui a conduit éla fré, quence, allélique, actuel soit inconnu est á noter et ses implications pour le modéle, hiérarchique, probabiliste sont discutées.Les difficultés, et implications issues de marqueurs polumorphiques et de marquers haplotypes sont dévéloppées.Les liens entire l'approche de modélisation, hiérerchique, et les méthodes, d'analyse d'identite pardescendance et les haplotypes partagés, par des cas apparement non apparentés, sont explorés. Enfin les problémes, relatifs à des modes de transmission inconnus,à des pénétrances, incomplé, tes, et aux "phénocopies" sont briévenment evoqués. [source]

High-yielding capacity building in irrigation system management: targeting managers and operators,,

IRRIGATION AND DRAINAGE, Issue 3 2008
Thierry Facon
développement des capacités; gestion du système; Asie Abstract Irrigation management is facing complex challenges evolving with the transformation of agriculture, competition over resources, environmental concerns, without forgetting the critical objective of food production. Managers are ill prepared to meet these challenges and the FAO called for and initiated a massive retraining programme of engineers and managers on irrigation system modernization to address these issues, starting in Asia. Results from this first generation of interventions confirmed the lack of success of many investments and institutional reforms, gaps in capacity and training and the potential for achieving significant improvements at minimal cost by focusing on system operation. The FAO prepared new guidelines for improving system operation and management (MASSCOTE) based on service-oriented management concepts, tested them through training workshops in Nepal, India and China and is disseminating them through a second-generation training programme building on first- generation knowledge synthesis. This paper presents the FAO's strategic approach to capacity building on service-oriented management. It builds on the major lessons drawn from past programmes and is based on three interrelated thrusts: at the system, state and regional/global levels. Concepts, methodologies, lessons learned on upscaling to policy and long-term investment planning, limitations and conditions for success and future programme development are discussed. Copyright © 2008 Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and John Wiley & Sons, Ltd. La gestion de l'irrigation est confrontée à des défis complexes en évolution avec la transformation de l'agriculture, la concurrence sur les ressources, les préoccupations environnementales, sans oublier l'objectif critique de la production alimentaire. Les gestionnaires sont mal préparés pour répondre à ces défis et la FAO a lancé un vaste programme de nouvelle formation des ingénieurs et cadres sur la modernisation des systèmes d'irrigation pour traiter ces questions, en commençant par l'Asie. Les résultats de cette première génération d'interventions ont confirmé le manque de succès de beaucoup d'investissements et de réformes institutionnelles, les lacunes dans les capacités et la formation et les possibilités de parvenir à des améliorations significatives à peu de frais en se concentrant sur le fonctionnement du système. La FAO a élaboré de nouveaux guides pour améliorer l'exploitation et la gestion des systèmes (MASSCOTE) basés sur les concepts de service, les a testés par des ateliers de formation au Népal, en Inde et en Chine et les a diffusés par une deuxième génération de programmes de formation s'appuyant sur la synthèse des connaissances de première génération. Cet article présente l'approche stratégique de la FAO pour le renforcement des capacités de gestion orientée sur le service. Il s'appuie sur les principaux enseignements tirés des précédents programmes et repose sur trois axes étroitement liés: au niveau du système, de l'état et régional/mondial. Les concepts, les méthodes, les leçons apprises sur les politiques et la planification des investissements à long terme, les limites et les conditions du succès, et le développement des programmes futurs sont discutés. Copyright © 2008 Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and John Wiley & Sons, Ltd. [source]

Modeling multiple-response categorical data from complex surveys

THE CANADIAN JOURNAL OF STATISTICS, Issue 4 2009
Christopher R. Bilder
Abstract Although "choose all that apply" questions are common in modern surveys, methods for analyzing associations among responses to such questions have only recently been developed. These methods are generally valid only for simple random sampling, but these types of questions often appear in surveys conducted under more complex sampling plans. The purpose of this article is to provide statistical analysis methods that can be applied to "choose all that apply" questions in complex survey sampling situations. Loglinear models are developed to incorporate the multiple responses inherent in these types of questions. Statistics to compare models and to measure association are proposed and their asymptotic distributions are derived. Monte Carlo simulations show that tests based on adjusted Pearson statistics generally hold their correct size when comparing models. These simulations also show that confidence intervals for odds ratios estimated from loglinear models have good coverage properties, while being shorter than those constructed using empirical estimates. Furthermore, the methods are shown to be applicable to more general problems of modeling associations between elements of two or more binary vectors. The proposed analysis methods are applied to data from the National Health and Nutrition Examination Survey. The Canadian Journal of Statistics © 2009 Statistical Society of Canada Quoique les questions du type « Sélectionner une ou plusieurs réponses » sont courantes dans les enquêtes modernes, les méthodes pour analyser les associations entre les réponses à de telles questions viennent seulement d'être développées. Ces méthodes sont habituellement valides uni-quement pour des échantillons aléatoires simples, mais ce genre de questions apparaissent souvent dans les enquêtes conduites sous des plans de sondage beaucoup plus complexes. Le but de cet article est de donner des méthodes d'analyse statistique pouvant être appliquées aux questions de type « Sélectionner une ou plusieurs réponses » dans des enquêtes utilisant des plans de sondage complexes. Des modèles loglinéaires sont développés permettant d'incorporer les réponses multiples inhérentes à ce type de questions. Des statistiques permettant de comparer les modèles et de mesu-rer l'association sont proposées et leurs distributions asymptotiques sont obtenues. Des simulations de Monte-Carlo montrent que les tests basés sur les statistiques de Pearson ajustées maintiennent généralement leur niveau lorsqu'ils sont utilisés pour comparer des modèles. Ces études montrent également que les niveaux des intervalles de confiance pour les rapports de cotes estimés à par-tir des modèles loglinéaires ont de bonnes propriétés de couverture tout en étant plus courts que ceux utilisant les estimations empiriques. De plus, il est montré que ces méthodes peuvent aussi êtres utilisées dans un contexte plus général de modélisation de l'association entre les éléments de deux ou plusieurs vecteurs binaires. Les méthodes d'analyse proposées sont appliquées à des données provenant de l'étude américaine « National Health and Nutrition Examination Survey » (NHANES). La revue canadienne de statistique © 2009 Société statistique du Canada [source]

Censusing and Measuring Lianas: A Quantitative Comparison of the Common Methods,

BIOTROPICA, Issue 5 2006
Stefan A. Schnitzer
ABSTRACT Lianas contribute to many aspects of tropical forest diversity and dynamics, and interest in liana ecology has grown substantially in recent years. Methods to census lianas and estimate biomass, however, differ among studies, possibly hindering attempts to compare liana communities. At Nouragues Research Station (French Guiana), we tested the extent to which liana abundance, basal area, and estimated biomass differed depending on stem diameter measurement location, inclusion of ramets, inclusion of lianas rooted within versus passing through the plot, and plot shape. We found that the mean per plot abundance and basal area of lianas were significantly greater when lianas were measured low on the stem, when ramets were included, and when lianas were sampled in transects (2 × 50 m) than in square plots (10 × 10 m). Mean per plot liana abundance and basal area were 21 percent and 58 percent greater, when stems were measured at the largest spot on the stem compared to 130 cm from the ground, respectively. Including liana ramets increased average per plot liana abundance, basal area, and estimated biomass by 19, 17, and 16 percent, respectively. To facilitate cross-study comparisons, we developed conversion equations that equate liana abundance, diameter, and basal area based on the measurements taken at four different stem locations. We tested these equations at Lambir Hills National Park, Malaysia and found that they did not differ significantly between the two sites, suggesting that the equations may be broadly applicable. Finally, we present a new allometric equation relating diameter and biomass developed from 424 lianas from five independent data sets collected in four countries. RÉSUMÉ Les lianes contribuent de diverse manière à la diversité et à la dynamique des forêts tropicales, et l'intérêt pour l'écologie des lianes s'est beaucoup accru ces dernières années. Cependant, les méthodes pour recenser les lianes et estimer leur biomasse varient d'une étude à l'autre, et peuvent entraver les tentatives de comparaison des communautés de lianes. A la Station de Recherche des Nouragues (Guyane Française), nous avons évalué la variation de l'abondance, de la surface terrière et de la biomasse des lianes, en fonction de la position de mesure du diamètre sur le tronc, de l'inclusion des rameaux, de l'inclusion des lianes enracinées dans la parcelle plutôt que passant dans la parcelle, et de la forme de la parcelle. Nous avons trouvé que l'abondance et la surface terrière moyennes des lianes par parcelle étaient significativement plus importantes lorsque les lianes étaient mesurées en bas de la tige, lorsque les rameaux étaient inclus, et lorsque les lianes étaient échantillonnées dans des transects (2x50m) plutôt que dans des parcelles carrées (10x10m). L'inclusion des rameaux dans l'échantillonnage augmentait l'abondance moyenne des lianes par parcelle de 19 pour cent, leur surface terrière de 17 pour cent et leur biomasse de 16 pour cent. Afin de faciliter les comparaisons entre études, nous avons développé des équations de conversion qui relient l'abondance, le diamètre et la surface terrière des lianes à partir de mesures prises à quatre endroits sur la tige. Nous avons testé la validité de ces équations au Parc National de Lambir Hills (Malaisie): les équations ne variaient pas de manière significative entre les deux sites, suggérant qu'elles pourraient être largement applicables. Finalement, nous présentons une nouvelle équation allométrique reliant diamètre et biomasse des lianes, construite à partir de 424 lianes de cinq ensembles de données échantillonnées dans quatre pays. [source]

Risk Management with Duration: Potential and Limitations

CANADIAN JOURNAL OF ADMINISTRATIVE SCIENCES, Issue 2 2000
Gerald O. Bierwag
This paper demonstrates the applicability of duration as a risk management tool for government organizations. Drawing on a real case, we present methodologies for quantifying (a) the durations of real assets on a government's balance sheet, and (b) the durations of the financial assets represented by shares in state-owned enterprises (SOEs). In the area of real physical assets on the balance sheet we focus on the highway system and on real estate owned by the government. The methodology for measuring durations of SOEs focuses primarily on an electrical utility. Our main conclusion is that it is feasible to derive excellent practical measures of the real durations of physical assets on a government's balance sheet. Far from being academic curiosities,such durations can be estimated with a fair degree of accuracy in practice. The paper also indicates some of the potential limitations of duration analysis as a risk management tool for such organizations. Résumé En tant que grand succès de la finance académique, l'analyse de durée profite d'une application étendue de la part des praticiens de différents millieux du secteur privé. Cet article démontre la possibilité d'utiliser les durées comme outil de gestion du risque dans les organisations gouvernementales. En se basant sur un cas réel, nous présentons les méthodes pour quantifier (1) les durées des valeurs réelles d'un bilan gouvernemental et (2) les durées des valeurs financières représentées par des parts dans des sociétés d'état. Pour ce qui est des valeurs physiques réelles du bilan, nous nous arr,tons sur le système autoroutier et sur les biens immobiliers possédés par le gouvernement. La méthode de mesure des durées des sociétés d'état focalise sur une compagnie de service électrique. Notre conclusion principale est qu'il est possible de tirer d'excellentes mesures pratiques des durées réelles des valeurs physiques du bilan financier d'un gouvernement. Loin d',tre de pures curiosités académiques, de telles durées peuvent ,tre, en pratique, estimées avec un degré raisonnable de précision. L'article mentionne de plus certaines limites potentielles de l'analyse de durée comme outil de gestion de risque pour de telles organisations. [source]