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Differential expansion of highly repeated DNA sequences in the swine subgenomes

JOURNAL OF ZOOLOGICAL SYSTEMATICS AND EVOLUTIONARY RESEARCH, Issue 2 2008
M. Pita
Abstract Differences in highly repeated DNA sequences among three swine breeds genomes were detected by means of whole-comparative genomic hybridization (W-CGH). The results showed that Duroc, Iberian and Landrace/Large White breeds share similar DNA sequences in their centromeric regions, but the number of copies of the highly repeated DNA sequences building the blocks of heterochromatin in the metacentric chromosomes is differentially expanded among them. That is not the case in the acrocentric subgenome where the chromosomes share similar sequence composition and number of copies among the three breeds in the centromeric regions. The highly repeated DNA sequences in the chromosome Y also displayed differences among the breeds studied. The reported results are discussed in the light of the possible evolutionary tendencies of these particular DNA sequences. Resumen Se detectaron diferencias en los ADNs repetidos de tres razas de cerdo mediante Hibridación Genómica Comparativa-Completa (W-CGH). Los resultados revelaron que las razas Duroc, Ibérica y Landrace/Large White, comparten secuencias repetidas similares en sus regiones centroméricas, pero el número de copias de éstas en las regiones centroméricas del subgenoma metacéntrico muestra distinto número de copias entre las razas. Por el contrario el subgenoma acrocéntrico muestra tanto la misma composición de secuencias altamente repetidas como de número de copias. Las secuencias repetidas del cromosoma Y también mostraron diferencias en su abundancia relativa entre las tres especies estudiadas. Los resultados obtenidos se discutieron en términos de las particulares tendencias evolutivas de este tipo de secuencias. [source]

Prescribing Flood Regimes to Sustain Riparian Ecosystems along Meandering Rivers

CONSERVATION BIOLOGY, Issue 5 2000
Brian D. Richter
By managing river flows for water supplies and power generation, water management agencies have inadvertently caused considerable degradation of riverine ecosystems and associated biodiversity. New approaches for meeting human needs for water while conserving the ecological integrity of riverine ecosystems are greatly needed. We describe an approach for identifying the natural flooding characteristics that must be protected or restored to maintain riparian ( floodplain) ecosystems along meandering rivers. We developed a computer model to simulate flood-driven changes in the relative abundance of riparian patch types along the Yampa River in Colorado ( U.S.A.). The model is based on research suggesting that the duration of flooding at or above 209 m3 per second (125% of bankfull discharge) is particularly important in driving lateral channel migration, which is responsible for initiating ecological succession in the Yampa's riparian forest. Other hydrologic variables, such as the magnitude of annual peak flows, were not as strongly correlated with lateral channel migration rates. Model simulations enabled us to tentatively identify a threshold of alteration of flood duration that could lead to substantial changes in the abundance of forest patch types over time should river flows be regulated by future water projects. Based on this analysis, we suggest an ecologically compatible water management approach that avoids crossing flood alteration thresholds and provides opportunity to use a portion of flood waters for human purposes. Recommended improvements to the Yampa model include obtaining additional low-elevation aerial photographs of the river corridor to enable better estimation of channel migration rates and vegetation changes. These additional data should greatly improve the model's accuracy and predictive capabilities and therefore its management value. Resumen: La composición y estructura de ecosistemas ribereños están fuertemente ligadas a la variabilidad hidrológica natural. Al manejar el flujo de ríos para abastecer agua y generar energía, las agencias de manejo de agua han causado inadvertidamente una degradación considerable de los ecosistemas ribereños y la biodiversidad asociada a ellos. Se necesitan nuevas estrategias para satisfacer las necesidades humanas de agua al mismo tiempo que se conserva la integridad de los ecosistemas ribereños. Describimos una estrategia para identificar las características de inundaciones naturales que deben ser protegidas o restauradas para mantener ecosistemas riparios ( planicies de inundación) a lo largo de ríos sinuosos. Desarrollamos un modelo de computadora para simular los cambios causados por inundaciones en la abundancia relativa de tipos de parche ripario a lo largo del río Yampa, en Colorado ( Estados Unidos de Norteamérica). Este modelo se basa en investigación que sugiere que la duración de la inundación a, o mayor a, 209 m3 por segundo (125% de descarga del banco lleno a su capacidad) es particularmente importante en la conducción de la migración de canales laterales, lo cual es responsable de la iniciación de la sucesión ecológica en el bosque ripario del río Yampa. Otras variables hidrológicas, como lo es la magnitud del pico de los flujos anuales no estuvieron tan fuertemente correlacionadas con las tasas de migración lateral de canales. Las simulaciones del modelo nos permitieron identificar límites tentativos de alteración de la duración de la inundación que podrían conducir a cambios sustanciales en la abundancia de tipos de parches forestales en el tiempo si los flujos de los ríos son regulados en proyectos de agua futuros. En base a este análisis, sugerimos una estrategia de manejo de agua ecológicamente compatible que evita sobrepasar los límites de alteración de las inundaciones y provee la oportunidad de usar una porción del agua de las inundaciones para fines humanos. Las recomendaciones de mejoras al modelo del río Yampa incluyen la necesidad de obtener fotografías aéreas de baja elevación adicionales del corredor del río, que permitan una mejor estimación de las tasas de migración de los canales y los cambios en la vegetación. Estos datos adicionales deberán mejorar en gran medida la precisión del modelo y sus capacidades predictivas y, por lo tanto, su valor de manejo. [source]

Mexican Jay social group size varies with habitat in northeastern Mexico

JOURNAL OF FIELD ORNITHOLOGY, Issue 2 2006
Nirmal K. Bhagabati
ABSTRACT We evaluated the hypothesis that social group size in Mexican Jays (Aphelocoma ultramarina) varies with habitat structure. We counted the social group size of Mexican Jays over a range of elevations and forest types in a single mountain range in northern Mexico (Sierra El Carmen, Coahuila). Group size increased significantly with elevation, in contrast to a population of Mexican Jays in Arizona that showed no such trend in another study. Among the vegetation variables measured, those relating to size of pines and oaks were especially important in explaining variation in group size. Because acorns and pine nuts are a major part of the diet of Mexican Jays, sites with larger oaks and pines may produce larger nut crops and support larger groups of jays. Elevation did not significantly explain variance in group size after taking vegetation into account. We compared group size and habitat variation across different parts of the geographic range of Mexican Jays. Our analysis indicates that variation of social group size in Mexican Jays is influenced by habitat quality at both local and geographic scales. Detailed studies on habitat structure and demographics of this population are needed to further clarify aspects of habitat quality important to these jays, and the mechanisms by which variation in social structure is maintained. SINOPSIS Evaluamos la hipótesis en donde se indica que el tamaño de los grupos en el Azulejón Mexicano (Aphelocoma ultramarina) varía con la estructura del hábitat. Determinamos el tamaño del grupo social a través de elevaciones variadas y tipos de bosques a lo largo de una cordillera en la Sierra El Carmen, Coahuila, del norte de México. El tamaño del grupo incremento significativamente con la elevación, en contraste con una población de azulejones estudiada en Arizona. Entre las variables medidas en la vegetación, encontramos unas relacionadas al tamaño de los pinos y los robles que fueron especialmente importante en la explicación del tamaño de los grupos. Dado el caso de que las semillas y nueces son un componente principal en la dieta de las aves, los lugares con árboles de mayor tamaño pudieran producir más alimento y a su vez sostener grupos mayores de azulejones. La elevación no explicó significativamente la variación en el tamaño de los grupos, una vez incluido en el análisis la vegetación. Comparamos tamaño de grupos y la variación en hábitat a través de diferentes partes de la distribución geográfica del ave. Nuestro análisis indica que la variación de tamaño de los grupos esta influenciada por la calidad del hábitat tanto al nivel local como geográfico. Estudios detallados en la estructura del hábitat y estudios demográficos son necesarios para determinar el mecanismo a través del cual se mantiene la variación en grupos. [source]

Diversity of Tropical Tree Seedling Responses to Drought

BIOTROPICA, Issue 6 2007
Martijn Slot
ABSTRACT Drought is an important seedling mortality agent in dry and moist tropical forests, and more severe and frequent droughts are predicted in the future. The effect of drought on leaf gas exchange and seedling survival was tested in a dry-down experiment with four tree species from dry and moist forests in Bolivia. Seedlings were droughted and wilting stage and gas exchange were monitored. Drought led to a gradual reduction of photosynthesis and stomatal conductance over time, whereas respiration and photosynthetic water-use efficiency initially increased with drought and then declined. Seedlings gradually went through the different wilting stages, until they eventually died, but the trajectory differed for the four species. The strong relationship between wilting stage and photosynthesis means that simple field observations can provide valuable information on plant physiological performance. Three different drought strategies were identified. Dry forest species Ceiba samauma shed its leaves and survived. The moist forest species Cariniana ianeirensis postponed drought stress by having low rates of transpiration and high water-use efficiency. Dry forest Astronium urundeuva and moist forest Triplaris americana followed an opportunistic strategy; they are early successional species that can quickly grow to maturity but periodic drought can be lethal. Strikingly, dry and moist forest species did not differ clearly in their drought tolerance strategies. RESÚMEN La sequía es una causa importante de mortalidad de plántulas en bosques tropicales secos y húmedos, y para el futuro se predicen sequías más severas y frecuentes. El efecto de la sequía en el intercambio de gases de las hojas y en la sobrevivencia de plántulas fue comprobado en un experimento de sequía con cuatro especies arbóreas de bosques secos y bosques húmedos en Bolivia. Las plántulas fueron sometidos a un período de sequía y se monitoreo la etapa de marchitamiento y el intercambio de gases. A lo largo del tiempo la sequía causo una reducción gradual en la fotosíntesis y en la conductividad estomática, mientras que la respiración y la eficiencia fotosintética del uso del agua inicialmente aumentaron con la sequía y luego disminuyeron. Las plántulas pasaron gradualmente a través de las diferentes etapas de marchitamiento, hasta que eventualmente murieron, pero la trayectoria varió entre las cuatro especies. La fuerte relación entre la etapa de marchitamiento y fotosíntesis significa que simples observaciones de campo pueden proveer información importante sobre el desempeño fisiológico de la planta. Se identificaron tres tipos de respuestas a la sequía. La especie del bosque seco Ceiba samauma perdió sus hojas y sobrevivió. La especie de bosque húmedo Cariniana ianeirensis postergó el estrés hidrico teniendo una baja tasa de transpiración y una alta eficiencia del uso del agua. Las especies Astronium urundeuva del bosque seco y Triplaris americana del bosque húmedo siguieron una estrategia oportunística; son especies de estados sucesionales tempranos que rápidamente pueden alcanzar la madurez pero eventos de sequía pueden ser letales. Sorprendentemente las especies de bosque seco y bosque húmedo no difieren claramente en sus estrategias de tolerancia a la sequía. Palabras claves: Astronium urundeuva; Bolivia; Cariniana ianeirensis; Ceiba samauma; estress hídrico, intercambio de gases; Triplaris americana; bosque seco tropical; bosques humedo tropical; etapas de marchitamiento [source]

The effect of maximum bite force on marginal bone loss in mandibular overdenture treatment: an in vivo study

CLINICAL ORAL IMPLANTS RESEARCH, Issue 5 2005
Frits Van Kampen
Abstract: The impact of bite force on the marginal bone response around implants is a subject of debate. This study focused on the effect of maximum bite force on marginal bone levels in mandibular implant overdenture treatment. In addition, the effect of the sequence of 3 different loading conditions on marginal bone loss was evaluated in vivo. The patient population consisted of a group of 18 patients. They received 2 implants in the mandible and a new denture without attachments during the period of submerged implant healing. After second stage surgery, the denture was provided with a ball, magnet or bar-clip attachment. There was a transition of attachment type after 3 and 6 months of function. The sequence in which the attachments were used was randomised. Radiographic marginal bone loss was measured after the period of submerged implant healing and after 3, 6 and 9 months of functional implant loading. Maximum bite force measurements were obtained just prior to second stage surgery with the new denture without attachment. Bite force measurements were also obtained after 3, 6 and 9 months of loading with the implant-retained overdenture. The latter 3 values were averaged. The mean bone loss during the period of submerged healing and during functional loading was 1.7 mm (0.7 mm) and 1.3 mm (0.6 mm), respectively. A relationship between maximum bite force during the period of submerged healing or during the period of functional loading on the one hand and the amount of marginal bone loss on the other could not be demonstrated. The sequence in which the different attachment types were used did not influence the observed amount of marginal bone loss. Résumé L'impact des forces d'occlusion sur la réponse de l'os marginal autour d'implants est sujet à débat. Cette étude s'est centrée sur l'effet de la force d'occlusion maximale sur les niveaux d'os marginaux dans le traitement de prothèses mandibulaires sur implants. De plus l'effet de la séquence de trois conditions de mise en charge différentes sur la perte osseuse marginale a étéévaluée in vivo. Les patients étaient au nombre de douze. Ils avaient reçu deux implants dans la mandibule et une nouvelle prothèse sans attache durant la période de guérison lorsque les implants étaient enfouis. Après la deuxième chirurgie, la prothèse amovible a été utilisée avec une boule, un aimant ou une barre comme attache. Il y avait une transition du type d'attache après trois et six mois de mise en fonction. La séquence suivant laquelle les attaches étaient utilisées était effectuée au hasard. La perte osseuse marginale radiographique a été mesurée après la période de guérison des implants enfouis et après trois, six et neuf mois de mise en fonction. Les mesures de force d'occlusion maximale ont été obtenues juste avant la deuxième chirurgie avec la nouvelle prothèse sans attache. Les mesures de forces d'occlusion ont également été obtenues après trois, six et neuf mois de mise en charge lorsque les implants retenaient la prothèse. Les trois dernières valeurs ont été mélangées. Les pertes osseuses moyennes durant la période de guérison avec les implants enfouis et durant la charge de mise en fonction étaient respectivement de 1,7±0,7 mm et de 1,3±0,6 mm. Une relation entre la force d'occlusion maximale durant la période de guérison avec les implants enfouis ou durant la période de mise en charge fonctionnelle d'une part et la quantité de perte osseuse marginale d'autre part n'a pas pûêtre démontrée. La séquence dans laquelle les différents types d'attache ont été utilisés n'influençaient pas la quantité observée de perte osseuse marginale. Zusammenfassung Der Einfluss der Kaukraft auf die Reaktion des marginalen Knochens um Implantate wir immer wieder diskutiert. Diese Studie konzentrierte sich auf den Einfluss der maximalen Kaukraft auf das marginale Knochenniveau bei Unterkieferimplantaten und Hybridprothesen. Zusätzlich untersuchte man in vivo den Einfluss von drei Phasen mit unterschiedlichen Belastungstypen auf den marginalen Knochenverlust. Es handelte sich um eine Gruppe von 18 Probanden. Alle erhielten zwei Implantate im Unterkiefer und eine neue Prothese, während der submukösen Einheilphase der Implantate noch ohne Retentionselemente. Nach der chirurgischen Freilegung der Implantate fixierte man die Prothesen mit einem Kugelanker, einem Magneten oder einem Steg. Der Wechsel zum nächsten Retentionstyp erfolgte jeweils nach 3 bis 6 Monaten normaler Funktion der Prothesen. Die Abfolge, in welcher man die Retentionselemente einsetzte, wurde zufällig ausgewählt. Den radiologischen marginalen Knochenverlust mass man nach der submukösen Einheilphase der Implantate, sowie nach 3, 6 und 9 Monate einer funktionellen Implantatbelastung. Die maximale Kaukraft wurde genau vor der chirurgischen Freilegung der Implantate mit der neuen Prothese und ohne Attachments gemessen. Zusätzliche Messungen der Kaukraft erfolgten 3, 6 und 9 Monate nach funktioneller Belastung der implantatgetragenen Hybridprothesen. Die letzten drei Werte wurden gemittelt. Der mittlere Knochenverlust während der submukösen Einheilphase betrug 1.7 mm (0.7 mm) und während der funktionellen Belastung 1.3 mm (0.6 mm). Eine Beziehung zwischen der maximalen Kaukraft während der submukösen Einheilung oder während der funktionellen Belastung auf der einen Seite und dem marginalen Knochenverlust auf der anderen Seite konnte nicht gezeigt werden. Die Abfolge, in der die verschiedenen Retentionstypen verwendet wurden, beeinflusste das Ausmass des beobachteten marginalen Knochenverlustes nicht. Resumen El impacto de la fuerza de mordida sobre la respuesta del hueso marginal alrededor de los implantes es motivo de debate. Este estudio está enfocado sobre el efecto de la fuerza de máxima mordida en los niveles de hueso marginal en el tratamiento de sobredentadura mandibular implantosoportada. Además, se evaluó el efecto de la secuencia de 3 condiciones diferentes de carga sobre la pérdida de hueso marginal in vivo. La población de4 pacientes consistió en un grupo de 18 pacientes. Estos recibieron 2 implantes en la mandíbula y una nueva dentadura sin anclajes durante el periodo de cicatrización sumergida de los implantes. Tras la cirugía de segunda fase se suministró una dentadura con anclajes de bola, imanes o barra. Se realizó un cambio en el sistema de anclaje tras 3 y 6 meses en función. La secuencia en la que se emplearon los anclajes fue aleatoria. Se midió la pérdida de hueso marginal radiográfica tras un periodo de cicatrización sumergida y tras 3, 6 y 9 meses de carga funcional de los implantes con la sobredentadura implantosoportada. Los últimos 3 valores se promediaron. La pérdida de hueso media durante el periodo de cicatrización sumergida y durante la carga funcional fue de 1.7 mm (0.7 mm) y 1.3 mm (0.6 mm) respectivamente. No se pudo demostrar una relación entre la fuerza de máxima mordida durante el periodo de cicatrización sumergida o durante el periodo de carga funcional por un lado y la cantidad de pérdida de hueso marginal por otro. La secuencia en la que se emplearon los diferentes tipos de anclajes no influyó en la cantidad de la cantidad de pérdida de hueso marginal observado. [source]