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Differential expansion of highly repeated DNA sequences in the swine subgenomes

JOURNAL OF ZOOLOGICAL SYSTEMATICS AND EVOLUTIONARY RESEARCH, Issue 2 2008
M. Pita
Abstract Differences in highly repeated DNA sequences among three swine breeds genomes were detected by means of whole-comparative genomic hybridization (W-CGH). The results showed that Duroc, Iberian and Landrace/Large White breeds share similar DNA sequences in their centromeric regions, but the number of copies of the highly repeated DNA sequences building the blocks of heterochromatin in the metacentric chromosomes is differentially expanded among them. That is not the case in the acrocentric subgenome where the chromosomes share similar sequence composition and number of copies among the three breeds in the centromeric regions. The highly repeated DNA sequences in the chromosome Y also displayed differences among the breeds studied. The reported results are discussed in the light of the possible evolutionary tendencies of these particular DNA sequences. Resumen Se detectaron diferencias en los ADNs repetidos de tres razas de cerdo mediante Hibridación Genómica Comparativa-Completa (W-CGH). Los resultados revelaron que las razas Duroc, Ibérica y Landrace/Large White, comparten secuencias repetidas similares en sus regiones centroméricas, pero el número de copias de éstas en las regiones centroméricas del subgenoma metacéntrico muestra distinto número de copias entre las razas. Por el contrario el subgenoma acrocéntrico muestra tanto la misma composición de secuencias altamente repetidas como de número de copias. Las secuencias repetidas del cromosoma Y también mostraron diferencias en su abundancia relativa entre las tres especies estudiadas. Los resultados obtenidos se discutieron en términos de las particulares tendencias evolutivas de este tipo de secuencias. [source]

Population genetics of the endangered limpet Patella ferruginea (Gastropoda: Patellidae): taxonomic, conservation and evolutionary considerations

JOURNAL OF ZOOLOGICAL SYSTEMATICS AND EVOLUTIONARY RESEARCH, Issue 1 2006
F. Espinosa
Abstract The limpet Patella ferruginea is the most endangered marine invertebrate in the western Mediterranean rocky shores, whereas Patella caerulea is the most common Mediterranean limpet. From Pleistocene to historic age, P. ferruginea was distributed around the whole Mediterranean basin, since the shells of this species are a characteristic feature of Palaeolithic and Neolithic deposits in this area. However, its Mediterranean range has progressively contracted to a few restricted areas. The ancient origin of the species (18 Ma) and the present geographical isolation among relic populations could have led to a great genetic difference among populations, taking into account the supposedly low dispersal ability of the species. However, we have observed a few genetic differences among populations and a ,star phylogeny' of COI haplotypes from the 41 individuals of P. ferruginea analysed; a similar pattern has also been observed for the seven individuals of P. caerulea studied. Genetic evidences show a possible bottleneck event on late Pleistocene that affected the two species. The results have an important implication on the future management of this endangered species. Additionally, two different morphological types of P. ferruginea have been described by Payraudeau in 1826: lamarcki and rouxi forms. Clear morphological differences occur between these two types and some authors pointed out the hypothesis about the existence of two different species. The results of the present study conclude that the two different forms of P. ferruginea are ecotypes, rather than different species or subspecies, and intermediate steps are an ecological range instead of hybridization events among different species. Resumen Patella ferruginea es el invertebrado marino más amenazado de las costas del Mediterráneo occidental, mientras que Patella caerulea es una especie muy común. Desde el Pleistoceno hasta épocas históricas, P. ferruginea estuvo distribuída alrededor de toda la cuenca mediterránea, ya que su concha es característica de depósitos paleolíticos y neolíticos en esta área. Sin embargo, su rango de distribución se ha visto reducido a unas pocas áreas restringidas. Su orígen primitivo (18 Ma) y el presente aislamiento geográfico entre las poblaciones podría haber generado importantes diferencias genéticas inter-poblacionales, teniendo en cuenta la supuesta baja capacidad de dispersión de la especie. Sin embargo, se han observado pocas diferencias genéticas inter-poblacionales y una ,,filogenia en estrella'' de los haplotipos de la COI procedentes de los 41 individuos de P. ferruginea analizados, un patrón similar ha sido también observado para los 7 individuos de P. caerulea estudiados. Las evidencias genéticas sugieren un posible cuello de botella a finales del Pleistoceno que afectó a las dos especies. Estos resultados tienen gran importancia en la futura gestión de esta especie amenazada. Adicionalmente, Payraudeau en 1826 describió dos tipo morfológicos de P. ferruginea: formas rouxi y lamarcki. Importantes diferencias morfológicas aparecen entre las dos formas y algunos autores han señalado la hipótesis de que podrían ser dos especies distintas. Los resultados del presente estudio concluyen que las dos formas de P. ferruginea son ecotipos en lugar de especies o subespecies distintas, y que las formas intermedias serían parte de un rango ecológico en lugar de ser fenómenos de hibridación entre especies diferentes. [source]

The timeliness and timelessness of the ,archaic': analytical psychology, ,primordial' thought, synchronicity

THE JOURNAL OF ANALYTICAL PSYCHOLOGY, Issue 4 2008
Paul Bishop
Abstract:, In 1930 Jung gave a lecture entitled ,Archaic Man' to the Lesezirkel in Hottingen. Following recent work on this text by two commentators, this article uses their interpretations as a springboard for a complementary reading, which emphasizes the fundamental significance of this paper as bridging the earlier and later stages in the development of analytical psychology, and examines closely the opposition between ,archaic',,modern' in Jung's paper; indeed, in his work as a whole. In contrast to Lévy-Bruhl, Jung rejects the label of ,mysticism' as applied to the ,primitive' point of view, and his anti-mystical stance can be explained in terms of his dialectical conception of the relationship between Self and World. On this account, the subject and the object,the psyche and the external world,are more closely (inter)related than conventional (modern) epistemology and ontology generally believe. This conception of the relation between the subjective and the objective foreshadows his later, and controversial, concept of synchronicity, which is, Jung insists, a way of apprehending the world in terms of its meaning. Concluding with a survey of the status of the ,primordial' in some other texts by Jung, this article aims to foster further debate on one of Jung's most complex and fascinating texts. Translations of Abstract En 1930, Jung donna une conférence intitulée L'Homme Archaïque au club de lecture de Hottingen. L'auteur s'appuie sur les travaux récents de deux commentateurs de ce texte et prend appui sur leurs interprétations pour proposer une lecture complémentaire. Il met l'accent sur la signification fondamentale de cette contribution comme ayant jeté un pont entre les premières formulations de la psychologie analytique et ses développements ultérieurs. Il examine attentivement l'opposition entre « archaïque » et « moderne » telle que Jung l'envisage, à la fois dans ce travail et dans son ,uvre considérée comme un tout. Contrairement à Lévy-Bruhl, Jung rejette l'étiquette de « mysticisme » accolée au point de vue « primitif ». Un tel anti-mysticisme s'explique par sa conception dialectique de la relation entre le Soi et le Monde. A ce titre, le sujet et l'objet,la psyché et le monde extérieur,sont dans une interrelation plus étroite que ne le supposent généralement l'épistémologie conventionnelle (moderne) et l'ontologie. Cette conception jungienne du lien entre le subjectif et l'objectif préfigure le concept plus tardif et controversé, de synchronicité, qui constitue, insiste Jung, une façon d'appréhender le monde à partir du sens. En concluant par une étude du statut du « primitif » dans certains autres textes de Jung, l'auteur vise à encourager l'approfondissement du débat autour de l'un de textes les plus complexes et les plus fascinants de Jung. In 1930 hielt Jung eine Vorlesung mit dem Titel ,Der archaische Mensch' im Lesezirkel in Hottingen. Auf den Spuren einer kürzlich erschienenen Arbeit zweier Kommentatoren über diesen Text benutzt der vorliegende Artikel deren Auslegung als ein Sprungbrett für ein komplementäres Lesen, welches die fundamentale Bedeutung dieses Textes hervorhebt, der die früheren und die späteren Stadien in der Entwicklung der Analytischen Psychologie überbrückt. Auch wird der Gegensatz zwischen ,archaisch','modern' in Jungs Text genau untersucht, eigentlich sogar in seiner gesamten Arbeit. Im Kontrast zu Lévy-Bruhl weist Jung die Kennzeichnung ,Mystizismus' zurück, weil sie auf einen ,primitiven' Standpunkt angewandt wird und seine anti-mystische Einstellung kann im Hinblick auf seine dialektische Konzeption der Beziehung zwischen Selbst und Welt erklärt werden. Aus diesem Grund sind das Subjekt und das Objekt,die Psyche und die äußere Welt,enger aufeinander bezogen als die konventionelle (moderne) Erkenntnistheorie und Ontologie im Allgemeinen glauben. Diese Konzeption der Beziehung zwischensubjektiv und objektiv lässt sein späteres, umstrittenes Konzept der Synchronizität vorausahnen. Dieses ist, und hierauf beharrt Jung, ein Weg, die Welt im Hinblick auf ihren Sinngehalt zu begreifen. Abschließend wird eine Bestandsaufnahme der Stellung des ,Primordialen' in einigen anderen Texten Jungs gegeben, um die Debatte über einen der höchst komplexen und faszinierendsten Texte Jungs weiter zu fördern. Nel 1930 Jung tenne una conferenza intitolata "L'uomo arcaico" alla Lesezirkel a Hottingen. Seguendo il recente lavoro di due commentatori su questo testo, questo articolo usa le loro interpretazioni come punto di partenza per un lavoro complementare che enfatizza il significato fondamentale di questo scritto come un ponte tra i primi e gli ultimi stadi dello sviluppo della psicologia analitica, e esamina da vicino l'opposizione tra ,arcaico-moderno' nello scritto di Jung; in verità, nel suo intero lavoro. In contrasto con Lévy-Bruhl, Jung rifiuta la definizione di "misticismo" in quanto applicata al punto di vista ,primitivo', e la sua posizione anti-misticismo può essere spiegata nei termini della sua concezione dialettica della relazione fra il Sé e il Mondo. Da questo punto di vista, il soggetto e l'oggetto,la psiche e il mondo esterno,sono più strettamente (inter)relazionati di quanto l'epistemologia convenzionale (moderna) e l'ontologia generalmente credono. Tale concezione della relazione tra il soggettivo e l'oggettivo prefigura il suo ultimo, e controverso, concetto di sincronicità, che rappresenta, Jung insiste, un modo di conoscere il mondo nei termini del suo significato. Concludendosi con un esame dello stato del ,primordiale' in alcuni altri testi di Jung, questo articolo ha come scopo il promuovere un ulteriore dibattito su uno dei più complessi e affascinanti testi junghiani. En 1930 Jung dio una conferencia llamada ,El Hombre Arcaico' al Lesszikel en Hottingen. Estudiando un trabajo reciente sobre este texto por dos comentaristas, este artículo utiliza sus interpretaciones como punto de partida para una lectura complementaria, la cual enfatizaría la significación fundamental de este trabajo para comunicar las etapas tempranas y tardías del desarrollo de la psicología analítica, y examina de cércala oposición ,arcaico-moderno' en el escrito de Jung. En contraste con Levy-Brühl, Jung rechaza la etiqueta de ,misticismo' tal como se aplica al punto de vista ,primitivo', y su afirmación ,antimística' puede ser explicada en términos de su concepción dialéctica entre el Self y el Mundo, En este orden, el sujeto y el objeto,la psique y el mundo exterior,están mas cercanamente (inter) relacionados que los que las (modernas) epistemología y ontología generalmente creen. Esta concepción de la relación entre el sujeto y el objeto ensombrece su posterior, y controversial, concepto de sincronicidad, el cual es, insiste Jung, una manera de aprehender el mundo en términos de su significado. Concluyendo con una revisión de la definición de ,primordial' este artículo propone nuevos debates sobre uno de los trabajos mas complejos y fascinantes de Jung. [source]

Distribution Patterns of Migrant and Resident Birds in Successional Forests of the Yucatan Peninsula, Mexico,

BIOTROPICA, Issue 1 2001
Andrea L. Smith
ABSTRACT Increasing human activity in the Yucatan peninsula has led to declines in older stages of successional forest, threatening regional habitat diversity. To determine potential effects of this habitat loss on the region's avifauna, we examined the relative use of different forest stages by resident and migrant birds during the nonbreeding season. We used the fixed-width transect method to compare the distribution, abundance, and diversity of forest birds in early (five to ten years old), mid (15,25 years), and late (<50 years) successional forests in the state of Campeche, Mexico, in the south-central part of the peninsula. All stages of successional forest had highly similar bird assemblages and did not differ in bird abundance or diversity. Both migrant and resident birds occurred across the successional gradient. The majority of habitat specialists, however, were resident birds restricted to late-successional forest, indicating that early secondary growth may not be suitable for all species. Furthermore, resident birds that typically participate in mixed-species flocks attained their greatest densities in the oldest forest habitat. Rapid recovery of pre-disturbance physiognomic features, in addition to high levels of habitat connectivity in the region, may contribute to similar bird communities across a range of successional stages. The high degree of edge characterizing much of the forest mosaic also may allow birds access to different serai stages. Loss of late-successional forest, however, is likely to adversely affect the subset of resident avifauna that depends on unique features of mature habitat such as snags, large trees, and climatic buffering. Conservation efforts in Campeche should focus on the specialized requirements of the most habitat-restricted species while preserving the current landscape mosaic characteristic of the small-scale shifting cultivation system. RESUMES El aumento de la actividad humana en el uso del suelo en la Peninsula de Yucatán, ha resultado en la disminución de la regeneración de la selva a etapas más maduras de sucesión, amenazando la diversidad regional de habitats. Para determinar los efectos de esta pérdida sobre la avifauna de la región, estudiamos el uso de diferentes etapas de sucesión de la selva por aves residentes y migratorias durante la temporada no reproductiva. Usamos el método de transecto linear de anchura fija para comparar la distributión, abundancia y diversidad de aves en vegetaclón sucesional (acahuales) de diferentes edades, incluyendo acahual joven (cinco a diez años de edad), acahual de edad media (15-25 afios) y selva (>50 afios) en el sur del estado de Campeche, Mexico. Diferentes etapas de sucesión de la selva tuvieron composition de aves muy similares y no variaron en la abundancia y la diversidad. Tanto las especies migrantes como residentes, estuvieron presentes a travél del gradiente sucesional. Sin embargo, la mayoría de los especialistas fueron aves residentes restingidas a etapas más viejas de sucesión de selva, indicando que la vegetatión sucesional temprana no es favorable para todas las especies. En adicion, las aves residentes que tipicamente participan en bandadas mixtas tuvieron sus densidades más altas en la selva de mayor edad de sucesión. La rápida recuperatión de la selva a sus caracteristicas de estado primario, en adición al alto grado de conectividad de habitat en la región, puede permitir a muchas especies nativas encontrarse en diferentes etapas de vegetatión sucesional. El alto grado de efecto de borde que caracteriza la mayor pane del mosaico de bosque tambíen puede permitir a las aves el acceso a los diferentes tipos de vegetación sucesional. Sin embargo, la pérdida de selva en etapa más madura de sucesión, probablemente rendrá un efecto más adverso sobre el grupo de aves residentes que depende de características únicas de selva madura, tales como árboles secos, árboles grandes y amortiguamiento climático. Los esfuerzos de conservatión deberían enfocarse sobre las especies sensibles con requerimientos especializados de hábitat, preservando selva nativa a la vez que las características actuates de mosaico del paisaje, manteniendo las actividades de roza-tumba y quema a pequena escala. [source]

Neuromuscular coordination of masticatory muscles in subjects with two types of implant-supported prostheses

CLINICAL ORAL IMPLANTS RESEARCH, Issue 2 2004
Virgilio F. Ferrario
Abstract Objectives: To compare the electromyographic (EMG) characteristics of masticatory muscles in patients with fixed implant-supported prostheses and implant overdentures. Material and methods: Nineteen subjects aged 45,79 years were examined. Fourteen were edentulous and had been successfully rehabilitated with (a) maxillary and mandibular implant-supported fixed prostheses (seven patients); (b) mandibular implant overdentures and maxillary complete dentures (seven patients). Five control subjects had natural dentition or single/partial (no more than two teeth) tooth or implant fixed dentures. Surface EMG of the masseter and temporal muscles was performed during unilateral gum chewing and during maximum teeth clenching. To reduce biological and instrumental noise, all values were standardized as percentage of a maximum clenching on cotton rolls. Results: During clenching, temporal muscle symmetry was larger in control subjects and fixed implant-supported prosthesis patients than in overdenture patients (analysis of variance, P=0.005). No differences were found in masseter muscle symmetry or in muscular torque. Muscle activities (integrated areas of the EMG potentials over time) were significantly larger in control subjects than in implant-supported prosthesis patients (P=0.014). In both patient groups, a poor neuromuscular coordination during chewing, with altered muscular patterns, and a smaller left,right symmetry than in control subjects were found (P=0.05). No differences in masticatory frequency were found. Conclusion: Surface EMG analysis of clenching and chewing showed that fixed implant-supported prostheses and implant overdentures were functionally equivalent. Neuromuscular coordination during chewing was inferior to that found in subjects with natural dentition. Résumé Le but de cette étude a été de comparer les caractéristiques éléctromiographiques (EMG) de muscles masticateurs chez des patients avec des prothèses fixées sur implant et des prothèses amovibles sur implants. Dix-neuf patients de 45 à 79 ans ont été examinés. Quatorze étaient édentés et ont été traités avec succès par a) une prothèse fixée sur des implants au niveau maxillaire et mandibulaire (sept patients), b) des prothèses amovibles ancrées sur implant au niveau de la mandibule et des prothèses amovibles totales supérieures (sept patients). Les cinq contrôles avaient soit une dentition naturelle soit des couronnes sur implants ou dent unique. L'EMG de surface des muscles masséter et temporaux a été effectué durant la mastication unilatérale de gomme à mâcher et à la force maximale de fermeture. Pour diminuer le bruit biologique et instrumental, toutes les valeurs ont été standardisées en pourcentage d'une force maximale de fermeture sur des rouleaux de coton. Durant la fermeture, la symétrie musculaire temporale était plus importante chez les sujets contrôles et les prothèses fixées sur implants que chez les patients avec prothèse amovible (analyse de variance, p=0,005). Aucune différence n'a été constatée dans la symétrie musculaire du masséter ou dans la torsion musculaire. Les activités musculaires (zones intégrées des potentiels EMG avec le temps) étaient significativement plus importantes chez les contrôles que chez les patients avec prothèses fixées sur implants (p=0,014). Dans les deux groupes de patients, une pauvre coordination neuromusculaire durant le mâchonnement, avec des modèles musculaires altérés, et une plus petite symétrie gauche-droite étaient constatées chez les sujets contrôles (p=0,05). Aucune différence dans la fréquence masticatoire n'a été trouvée. L'analyse EMG de surface de fermeture et de mastication montraient que les prothèses fixées sur implant et les prothèses amovibles sur implants étaient fonctionnellement équivalentes. Cependant la coordination neuromusculaire durant la mastication était inférieure à celle trouvée chez les sujets avec dentition naturelle. Zusammenfassung Ziel: Die EMG-Charakteristiken der Kaumuskeln in Patienten mit festsitzenden implantatgetragenen Prothesen und implantatgetragenen Hybridprothesen zu vergleichen. Material und Methode: Neunzehn Patienten im Alter von 45 bis 79 Jahren wurden untersucht. Vierzehn davon waren zahnlos und erfolgreich wiederhergestellt worden mit a) festsitzenden implantatgetragenen Ober- und Unterkieferprothesen (sieben Patienten); b) Unterkieferhybridprothesen und OK-Totalprothesen (sieben Patienten). Die fünf Kontrollpatienten hatten eine natürliche Bezahnung oder Einzelkronen bzw. kleine Brücken (nicht mehr als zwei Zähne) auf Implantaten oder Zähnen. Während einseitigem Kaugummikauen und maximalem Zähnepressen wurden Messungen der Oberflächen-EMGs der Masseter- und Temporalmuskulatur durchgeführt. Um das biologische und instrumentelle Rauschen zu unterdrücken, wurden alle Werte als Prozentanteil des maximalen Pressens auf Watterollen standardisiert. Resultate: Während des Pressens war die temporale Muskelsymmetrie bei den Kontrollpatienten und den Patienten mit festsitzenden implantatgetragenen Prothesen grösser als bei den Probanden mit Hybridprothesen (Varianzanalyse, p=0.005). Bei der Symmetrie der Massetermuskeln und im muskulären Drehmoment konnten keine Unterschiede gefunden werden. Die Muskelaktivitäten (integrierte Areale der EMG-Potentiale über die Zeit) waren bei den Kontrollpatienten signifikant tiefer als bei den Probanden mit implantatgetragenen Prothesen (p=0.014). Bei beiden Patientengruppen konnte eine schlechtere neuromuskuläre Koordination während des Kauens mit veränderlichen muskulären Mustern und einer geringeren links-rechts Symmetrie als bei den Kontrollpatienten gefunden werden (p=0.05). Bei der Kaufrequenz bestanden keine Unterscheide. Schlussfolgerung: Die Analyse der Oberflächen-EMG beim Pressen und Kauen zeigte, dass festsitzende implantatgetragene Prothesen und implantatgetragene Hybridprothesen funktionell gleichwertig sind. Die neromuskuläre Koordination während des Kauens war schlechter als bei Probanden mit natürlicher Bezahnung. Resumen Objetivos: Comparar las características del EMG de los músculos masticatorios en pacientes con prótesis fija implanto-soportada y sobredentaduras en implantes. Material y métodos: Se examinaron 19 sujetos de edades entre 45 y 79 años. Catorce eran edéntulos, y habían sido rehabilitados con éxito con a) prótesis fija implanto-soportada maxilar y mandibular (siete pacientes); b) sobredentadura completa en implantes maxilar y mandibular (siete pacientes). Cinco pacientes de control tenían dentición natural o dentaduras fijas sobre implantes o dientes unitarias o parciales (no mas de 2 dientes). Se llevó a cabo EMG de superficie de los músculos maseteros y temporales durante mascado de chicles unilateralmente, y durante cierre máximo. Para reducir las interferencias biológicas e instrumentales, todos los valores se estandarizaron como porcentajes de un cierre máximo sobre rollos de algodón. Resultados: Durante el cierre, la simetría de los músculos temporales fue mayor en los sujetos de control y en los pacientes de prótesis fijas implanto-soportadas que en los pacientes con sobredentaduras (análisis de varianza, p=0.005). No se encontraron diferencias en la simetría del músculo masetero o en el torque muscular. Las actividades musculares (áreas integradas de los potenciales del EMG a lo largo del tiempo) fueron significativamente mayores en los sujetos de control que en los pacientes con prótesis implantosoportada (p=0.014). En ambos grupos de pacientes, se encontró una coordinación neuromuscular mas pobre durante el mascado, con patrones musculares alterados, y una menor simetría derecha-izquierda que en los sujetos de control (p=0.05). No se encontraron diferencias en la frecuencia masticatoria. Conclusión: El análisis del EMG de superficie de máxima mordida y de mascado mostró que las prótesis fijas implanto-soportadas y las sobredentaduras en implantes fueron funcionalmente equivalentes. La coordinación neuromuscular durante el mascado fue inferior a aquella encontrada en sujetos con dentición natural. [source]