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Estimating Diversity in Unsampled Habitats of a Biogeographical Province

CONSERVATION BIOLOGY, Issue 3 2003
Michael L. Rosenzweig
A number of methods have been developed to overcome sample-size limits within a single habitat. We evaluated six of these methods to see whether they could also compensate for incomplete habitat samples. We applied them to the butterfly species of the 110 ecoregions of Canada and the United States. Two of the methods use the frequency of species that occur in a few of the sampled ecoregions. These two methods did not work. The other four methods estimate the asymptote of the species-accumulation curve ( the graph of "number of species in a set of samples" versus "number of species occurrences in those samples" ). The asymptote of this curve is the actual number of species in the system. Three of these extrapolation estimators produced good estimates of total diversity even when limited to 10% of the ecoregions. Good estimates depend on sampling ecoregions that are hyperdispersed in space. Clustered sampling designs ruin the usefulness of the three successful methods. To ascertain their generality, our results must be duplicated at other scales and for other taxa and in other provinces. Resumen: La estimación del número de especies en una provincia biogeográfica puede ser problemático. Se ha desarrollado un número de métodos para superar los límites del tamaño de muestra dentro de un solo hábitat. Evaluamos seis de estos métodos para ver si podrían compensar por muestras incompletas de hábitat. Aplicamos estos métodos a especies de mariposas de las 110 ecoregiones de Canadá y los Estados Unidos. Dos de los métodos usan la frecuencia de las especies que ocurren en algunas de las ecoregiones muestreadas. Estos dos métodos no sirvieron. Los otros cuatro métodos estimaron la asíntota de la curva de acumulación de especies ( la gráfica de "el número de especies en un juego de muestras" contra el "número de ocurrencias de especies en éstas muestras" ). La asíntota de ésta curva es el número real de especies en el sistema. Tres de éstos estimadores de extrapolación produjeron buenas estimaciones de la diversidad total aún cuando se limitaron al 10% de las ecoregiones. Las buenas estimaciones dependen del muestreo de ecoregiones altamente dispersas en el espacio. Los diseños de muestreos en agrupamientos arruinan la utilidad de los tres métodos exitosos. Para asegurar su generalidad, nuestros resultados deben ser duplicados a otras escalas y para otros taxones en otras provincias. [source]

Differential expansion of highly repeated DNA sequences in the swine subgenomes

JOURNAL OF ZOOLOGICAL SYSTEMATICS AND EVOLUTIONARY RESEARCH, Issue 2 2008
M. Pita
Abstract Differences in highly repeated DNA sequences among three swine breeds genomes were detected by means of whole-comparative genomic hybridization (W-CGH). The results showed that Duroc, Iberian and Landrace/Large White breeds share similar DNA sequences in their centromeric regions, but the number of copies of the highly repeated DNA sequences building the blocks of heterochromatin in the metacentric chromosomes is differentially expanded among them. That is not the case in the acrocentric subgenome where the chromosomes share similar sequence composition and number of copies among the three breeds in the centromeric regions. The highly repeated DNA sequences in the chromosome Y also displayed differences among the breeds studied. The reported results are discussed in the light of the possible evolutionary tendencies of these particular DNA sequences. Resumen Se detectaron diferencias en los ADNs repetidos de tres razas de cerdo mediante Hibridación Genómica Comparativa-Completa (W-CGH). Los resultados revelaron que las razas Duroc, Ibérica y Landrace/Large White, comparten secuencias repetidas similares en sus regiones centroméricas, pero el número de copias de éstas en las regiones centroméricas del subgenoma metacéntrico muestra distinto número de copias entre las razas. Por el contrario el subgenoma acrocéntrico muestra tanto la misma composición de secuencias altamente repetidas como de número de copias. Las secuencias repetidas del cromosoma Y también mostraron diferencias en su abundancia relativa entre las tres especies estudiadas. Los resultados obtenidos se discutieron en términos de las particulares tendencias evolutivas de este tipo de secuencias. [source]

Fluctuaciones Temporales en la Composición Floristica del Bosque Tropical Atlántico,

BIOTROPICA, Issue 1 2001
Samir Gonçalves Rolim
ABSTRACT Temporal and spatial changes in floristic composition over a 15-year period in an Atlantic tropical forest in Brazil were analyzed. The data were recorded in five 0.5-ha (50 × 100 m) plots within a 22,000-ha forest reserve. In each plot, all stems ± 10 cm diameter at breast height (DBH) were repeatedly inventoried. The overall number of species among all plots was steady over time but changed within a given plot. In all plots, the proportion for the disappearance of species was 7 percent and that for immigration of new species into the plots was 9.5 percent. Approximately 65 percent of the disappearance occurred between 1986 and 1989, and 74 percent of the immigration happened after 1986. The observed changes in composition evidently were due to natural disturbance and climatic events, such as an unusual four-month drought. Disappearance of species from the plots did not denote regional extinction of those species, because they persisted elsewhere in the forest reserve. The changes in species composition within the plots and persistence outside them, however, indicated that large areas are required for in situ conservation of tropical tree species. These areas must be large enough for population changes to occur without negative effects on genetic and demographic structures of tree species. RESUMES Foram analisadas as variações temporais e espaciais na composição florística de uma floresta tropical num período de 15 anos entre os anos de 1980 e 1995. Em 5 parcelas de 0.5 ha (50 × 100 m) amostraram-se todas as árvores com diàmetro a altura do peito (DAP) , 10 cm. Para a escala e período que este estudo abrangeu pode-se concluir que há uma estabilidade no número de espécies da comunidade ao longo do tempo e esta estabilidade foi significativamente afetada por um distúrbio natural (um período seco de 4 meses) ocorrido em 1987. Foi constatado que em 15 anos desapareceram 7 por ciento das espécies nas parcelas monitoradas, contra um total de 9.5 por ciento de novas espécies recrutadas. Aproximadamente 65 por ciento do desaparecimento de espécies ocorreu entre 1986 e 1989 e 74 por ciento das novas espécies foram recrutadas apos 1986. O desaparecimento não significa necessariatmente um fenômeno de extinção e foi demonstrado que as espécies continuam ocorrendo na comunidade. O desaparecimento de espécies dentro das parcelas e sua pcrsisténcia fora delas indica que são necessárias grandes áreas para conservação in situ de espécies arbóreas. Estas áreas devem ser capazes de absorver as flutuaçz,oes populacionais sem afetar a estrutura genética e demográfica das espécies. [source]

Herpetofaunal Diversity and Abundance in Tropical Upland Forests of Cameroon and Panama,

BIOTROPICA, Issue 1 2001
Ulrich Hofer
ABSTRACT Two tropical upland forests, Mount Kupe in Cameroon and Bosque Protector Palo Seco in Panama, were compared in terms of herpetofaunal species richness and density of individuals. Based on rarefaction, whereby samples are standardized for abundance, Palo Seco had significantly more species of frogs and lizards. Extrapolations to total local species richness, by fitting the Michaelis,Menten equation to the species accumulation curves and by using Chao's estimator, yielded divergent results: more lizard species on Mount Kupe, and an equal number of frogs at both sites. These disparities can be accounted for by differences in evenness, which was higher in Palo Seco. Frog density was significantly higher on Mount Kupe, snake density significantly higher in Palo Seco, and lizards exhibited no density difference. Overall, the results revealed a less consistent pattern and more moderate differences than what is known from southeast Asian,-Central American comparisons. This outcome is discussed in the light of available knowledge, but quantitative data from African forests are too sparse to allow general conclusions. Se comparó la herpetofauna de dos bosques tropicales húmedos ubicados en las montañas, Mount Kupe en Camerún y Bosque Protector Palo Seco en Panamá, en relación a la riqueza especifica y la densidad de individuos. Con base en el método de rarefacción, en el cual los muestreos se estandarizan en base a su abudancia, Palo Seco presenta significativamente mas especies de anuros y lagartos. Extrapolaciones con respecto a la riqueza especifica total de los sitios, mediante un ajuste de la ecuación de Michaelis-Menten a las curvas de acumulación de especies, y utilizando el índice de Chao, produjeron resultados divergentes: más especies de lagartos en Mount Kupe, y el mismo número de especies de anuros en ambos sitios. Dichas diferencias pueden resultar de una equitatividad más alta en Palo Seco. La densidad de anuros resultó significativamente más alta en Mount Kupe, mientras que la densidad de serpientes fue significativamente más alta en Palo Seco, y no se encontró una diferencia entre k densidad de lagartos en ambos sitios. En general los resultados muestran patrones menos consistentes y diferencias mis moderadas de las que se conocen entre el Sureste de Asia y Centroamerica. Se discuten los resultados con base en la información disponible, sin embargo, la existencia de datos cuantitativos para bosques africanos es demasiado escaza como para permitir conclusiones generales. RESUMES Se comparó la herpetofauna de dos bosques tropicales húmedos ubicados en las montañas, Mount Kupe en Camerún y Bosque Protector Palo Seco en Panamá, en relación a la riqueza especifica y la densidad de individuos. Con base en el método de rarefacción, en el cual los muestreos se estandarizan en base a su abudancia, Palo Seco presenta significativamente mas especies de anuros y lagartos. Extrapolaciones con respecto a la riqueza especifica total de los sitios, mediante un ajuste de la ecuación de Michaelis-Menten a las curvas de acumulación de especies, y utilizando el índice de Chao, produjeron resultados divergentes: más especies de lagartos en Mount Kupe, y el mismo número de especies de anuros en ambos sitios. Dichas diferencias pueden resultar de una equitatividad más alta en Palo Seco. La densidad de anuros resultó significativamente más alta en Mount Kupe, mientras que la densidad de serpientes fue significativamente más alta en Palo Seco, y no se encontró una diferencia entre k densidad de lagartos en ambos sitios. En general los resultados muestran patrones menos consistentes y diferencias mis moderadas de las que se conocen entre el Sureste de Asia y Centroamerica. Se discuten los resultados con base en la información disponible, sin embargo, la existencia de datos cuantitativos para bosques africanos es demasiado escaza como para permitir conclusiones generales. [source]

A 7-year life table analysis from a prospective study on ITI implants with special emphasis on the use of short implants

CLINICAL ORAL IMPLANTS RESEARCH, Issue 2 2004
Results from a private practice
Abstract: This paper reports on a 7-year life table analysis on ITI titanium plasma-sprayed (TPS) and sandblasted and etched (SLA) implants placed in a private practice and loaded for at least 1 year. In 236 patients, 528 (264 TPS and 264 SLA) implants were placed, 351 (66.5%) implants rehabilitated the posterior region and 71.1% implants were ,11 mm. In the posterior mandible and maxilla, the mean implant length was 9.90 and 9.74 mm respectively. Implant length was determined through standard radiographs only. Increase of the number of implants or reduction of the width or the length of the rehabilitations was not specifically sought for the shorter implants. One hundred and twenty-two SLA implants were loaded within 63 days. All early loaded SLA implants resisted the applied 35 N cm without rotation or pain. Three implants failed, one early and two late failures, all were SLA implants placed in the mandible. Shorter implants did not fail more than longer ones. The cumulative success rate was 99.40%. The predictable use of short implants supporting single crowns and small fixed partial dentures of 2,4 units supported by two to three implants permitted (1) restricting the need for sophisticated and expensive presurgical procedures aimed to determine precisely the available bone height by computerized radiographic methods, (2) the placement of prosthetically driven restoration instead of surgically driven ones, (3) reducing the indications span for complex invasive procedures like sinus lift and bone grafting procedures, (4) facilitating the surgery, without attempting to place the longest implant and (5) avoiding the occurrence of sensation disturbance. The safe use of short implants in a private practice should make implant therapy simpler and accessible to a higher number of patients and practitioners. Résumé Ce manuscript rapporte une analyse sur sept ans d'implants ITI® TPS et SLA placés dans un cabinet privé et chargés pendant au moins une année. Chez 236 patients, 528 implants (264 TPS et 264 SLA) ont été placés, 351 (66,5%) d'entre eux pour reconstruire la région postérieure et 71,1 étaient ,11 mm. Dans les parties postérieures de la mandibule et du maxillaire la longueur implantaire moyenne était respectivement de 9,90 et 9,74 mm. La longueur de l'implant était déterminée à partir uniquement de radiographies standards. L'augmentation du nombre d'implants ou la réduction de la largeur ou la longueur des reconstructions n'étaient pas spécifiquement recherchées pour les implants les plus courts. Cent vingt-deux implants SLA ont été mis en charge avant 63 jours. Tous les implants SLA avec mise en charge précoce ont resistéà la force de 35 Ncm appliquée sans rotation ni douleur. Trois implants ont échoué: 1) de manière précoce et 2) plus tard, tous étaient des implants SLA placés dans la mandibule. Les implants les plus courts n'avaient pas davantage d'échec que les plus longs. Le taux de succès cumulatif était de 99,40%. L'utilisation prévisible des implants courts portant des couronnes uniques et des petites prothèses fixées de deux à quatre unités supportées par deux à trois implants permettait 1) de réduire la nécessité de processus préchirurgicaux sophistiqué et cher visant ,a d"terminer précisemnentla hauteur osseuse disponible par des méthodes radiographiques avec ordinateur, 2) le placement de restaurations axées sur la prothèse plutôt que sur la chirurgie, 3) de diminuer la portée des indications des processus invasifs complexes comme l'épaississement du plancher buccal et les processus de greffe osseuse, 4) de faciliter la chirurgie sans essayer de placer l'implant le plus long, 5) d'éviter l'apparition de troubles de sensation. L'utilisation s,re d'implants court dans une pratique privée pourrait rendre la thérapie plus simple et accessible à un polus grand nombre de patients et de praticiens. Zusammenfassung Diese Arbeit berichtet über eine 7 Jahre Life Time Analyse von ITI TPS und SLA Implantaten, welche in einer Privatpraxis gesetzt wurden und für mindestens 1 Jahr unter Belastung standen. Bei 236 Patienten wurden 528 Implantate (264 TPS und 264 SLA) eingesetzt, 351 Implantate (66.5%) dienten der Wiederherstellung der posterioren Region und 71.1% der Implantate waren 11 mm lang. In der posterioren Mandibula bzw. Maxilla betrug die mittlere Implantatlänge 9.9 bzw. 9.74 mm. Die Implantatlänge wurde nur auf Standardröntgenbildern bestimmt. Bei Rekonstruktionen mit kurzen Implantaten wurden nicht speziell mehr Implantate verwendet oder die Breite oder die Länge der Rekonstruktionen reduziert. 122 SLA Implantate wurden innerhalb von 63 Tagen belastet. Alle frühbelasteten SLA Implantate widerstanden den applizierten 35Ncm ohne Rotation oder Schmerzen. 3 Implantate zeigten Misserfolge, einen Früh- und 2 Spätmisserfolge. Es handelte sich dabei ausschliesslich um SLA Implantate, welche im Unterkiefer eingesetzt worden waren. Kurze Implantate zeigten nicht mehr Misserfolge als lange. Die kumulative Erfolgsrate betrug 99.4%. Die Verwendung von kurzen Implantaten, welche Einzelkronen und kleine festsitzende Brücken mit 2,4 Einheiten auf 2,3 Implantanten trugen, erlaubte, 1) die Notwendigkeit von komplizierten und teuren prächirurgischen Abklärungen zur genauen Bestimmung der zur Verfügung stehenden Knochenhöhe durch computerisierte radiologische Methoden zu beschränken, 2) die Platzierung von prothetisch diktierten Rekonstruktionen anstelle von chirurgisch diktierten Rekonstruktionen, 3) eine Reduktion der Indikationsbreite von komplexen invasiven Prozeduren wie Sinuslift und Knochentransplantationen, 4) eine Erleichterung der Chirurgie indem nicht ein möglichst langes Implantat gesetzt werden musste, 5) das Auftreten von Sensibilitätsstörungen zu vermeiden. Die sichere Verwendung von kurzen Implantaten in einer Privatpraxis sollte die Implantattherapie einfacher machen. Dadurch sollte die Behandlung mit Implantaten einer grösseren Anzahl Patienten und Praktikern zugänglich werden. Resumen Este estudio informa sobre un análisis de un cuadro de vida de implantes ITI TPS y SLA colocados en una consulta privada y cargados durante al menos un año. Se colocaron 528 implantes (264 TPS y 264 SLA) en 236 pacientes, 351 implantes (66.5%) rehabilitaron el maxilar posterior y el 71.1% de los implantes fueron ,11 mm. La longitud media de los implantes en la mandíbula posterior y el maxilar fue de 9,90 y 9.74 mm respectivamente. La longitud del implante se determinó solamente a través de radiografías. No se buscaron específicamente incrementos en el número de implantes o reducción en la anchura o longitud de las rehabilitaciones para los implantes cortos. Se cargaron 122 implantes dentro de los 63 días. Todos los implantes SLA cargados tempranamente resistieron la fuerza de 35 Ncm aplicada sin rotación ni dolor. 3 implantes fracasaron, uno tempranamente y 2 tardíos, todos fueron implantes SLA colocados en la mandíbula. Los implantes mas cortos no fracasaron más que los implantes largos. El índice acumulativo de éxito fue del 99.4%. El uso predecible de implantes cortos soportando coronas unitarias y pequeñas prótesis fijas parciales de 2,4 unidades soportadas por 2,3 implantes permitieron, 1) restringir la necesidad de procedimientos quirúrgicos sofisticados y costosos con la intención de determinar con precisión la altura de hueso disponible por medio de métodos de radiografías computarizadas, 2) la colocación de restauraciones orientadas prosteticamente en vez de quirúrgicamente, 3) reducir el abanico de indicaciones para procedimientos complejos invasivos tales como procedimientos de elevación del seno e injertos, 4) facilitar la cirugía, sin intentar colocar el implante mas largo, 5) evitar la aparición de sensación de molestia. El uso seguro de implantes cortos en una consulta privada debería hacer el tratamiento de implantes mas simple y accesible para un mayor número de pacientes y profesionales. [source]